En 5 000 av. J.-C., un groupe de dix individus immortels débarque sur Terre pour protéger l'humanité des Déviants. Il s'agit des Éternels, envoyés depuis leur planète d'origine, Olympia, depuis le Domo, par le Premier Céleste, Arishem le Juge. Au fil des siècles, les Éternels ont continué à s'installer sur d'autres civilisations en plein essor et à les défendre contre les Déviants, bien qu'Arishem leur ait interdit d'intervenir dans les conflits humains pour leur permettre d'évoluer naturellement. Deux Éternels, Sersi et Ikaris, ont développé une relation étroite au fil des siècles, jusqu'à devenir un couple marié.

En 1521, l'invasion Espagnole de la capitale aztèque de Tenochtitlán se déroule en même temps qu'une attaque des derniers Déviants. En les repoussant, le Mahd Wy'ry de Thena l'amène à se retourner momentanément contre ses alliés, avant d'être arrêtée par Gilgamesh. La Première Éternelle, Ajak, propose de guérir Thena au prix de la perte de ses souvenirs, mais Gilgamesh se porte volontaire pour veiller sur elle, acceptant la possibilité qu'elle doive être tuée si elle se retourne à nouveau contre eux. Druig, frustré par la façon dont les Éternels se sont abstenus de s'occuper des affaires humaines, décide de les déserter pour mettre fin lui-même au conflit espagnol. Les Déviants étant apparemment éradiqués, Ajak libère les Éternels pour qu'ils suivent leur propre voie sur Terre. Dans les années qui suivirent, Ikaris abandonna Sersi tandis que les autres Éternels attendaient leur retour à Olympia.

Dans le présent, à Londres, Sprite vit aux côtés de Sersi, qui travaille comme conservatrice de musée et entretient une relation amoureuse avec son collègue Dane Whitman. Un soir, Sersi, Sprite et Whitman quittent une fête lorsqu'ils sont attaqués par un Déviant. Ils sont rejoints à temps par Ikaris et se battent pour éradiquer la bête, mais ils découvrent qu'elle est capable de se guérir elle-même. Whitman est abandonné par Sersi quand Sprite et Ikaris décident de partir pour le Dakota du Sud à la recherche d'Ajak. Dans sa maison, ils y trouvent son corps, victime d'une attaque des Déviants. Alors que Sersi pleure sur le cadavre de leur chef, Ajak lui transmet la sphère qu'elle utilisait pour communiquer avec Arishem. Face à la menace des Déviants, les trois hommes décident de partir à la recherche des autres Éternels.

Les Éternels approchent Kingo alors qu'il tourne un nouveau film à Bollywood. Il hésite à quitter sa vie de célébrité pour retrouver le groupe. Il cède lorsqu'il apprend la mort d'Ajak et est encouragé par son valet Karun Patel, qui les accompagne également dans leur quête afin de tourner un documentaire sur Kingo. Le groupe retrouve vite Gilgamesh et Thena en Australie, alors que le Mahd Wy'ry de cette dernière refait surface suite à une récente attaque de Déviants. Après avoir examiné les œuvres d'art que Thena a peintes pendant ses épisodes de folie, permettant de visualiser des souvenirs de destructions planétaires passées, Sersi utilise la sphère pour réussir à établir une connexion avec Arishem le Juge. Le Premier Céleste révèle à Sersi qu'Olympia n'existe pas et qu'il a créé les Éternels au sein de la Forge Monde. Il a également créé les Déviants pour éradiquer les prédateurs de la Terre et permettre aux vies intelligentes de prospérer, mais un défaut de conception critique les a amenés à évoluer et à devenir eux-mêmes des prédateurs.

Arishem révèle donc que les Éternels ont été déployés sur Terre pour protéger les humains, sans savoir qu'ils défendaient également une graine qui engendrerait le nouveau Céleste Tiamut le Communicateur une fois que le quota de population de vie intelligente serait atteint. L'Émergence commencerait alors, entraînant la destruction de la planète et la naissance du Céleste, ce qui permettrait à de nouvelles vies et galaxies de se former. Par la suite, les souvenirs des Éternels leur sont retirés et sont étudiés par Arishem en vue de leur prochaine mission planétaire. Consternée par le véritable sens de leur existence, Sersi en informe les autres lors d'un repas. Ensemble, ils réalisent que la maladie mentale de Thena est le résultat d'un effacement de mémoire raté après une précédente Émergence.

Dans l'espoir de retarder l'Émergence, ils partent retrouver Druig dans un village amazonien avec pour espoir qu'il puisse utiliser sa télépathie pour plonger Tiamut le Communicateur dans un sommeil. Toutefois, Druig hésite à les aider. La nuit, les Éternels tombent dans une embuscade tendue par les Déviants et se battent pour les repousser. Ikaris et Sersi sont violemment attaqués par l'une des bêtes, mais Sersi parvint pour la toute première fois à utiliser ses pouvoirs pour la transformer en arbre, à la surprise générale du groupe. Tandis que Thena perd à nouveau la raison, Gilgamesh se précipite à ses côtés. Cependant, cela permet au chef des Déviants, Kro, de l'attaquer et d'absorber ses pouvoirs, acquérant ainsi une silhouette humanoïde, une parole intelligible ainsi que ses souvenirs, laissant Gilgamesh pour mort.

Avant de s'enfuir, Kro promet de tuer les Éternels en guise de vengeance pour leurs actions envers les Déviants. Avec ses dernières paroles, Gilgamesh réussit à rappeler à Thena qui elle est, la guérissant ainsi de son mal. Le reste des Éternels pleurent la perte de leur plus grand combattant par une crémation, Thena dispersant ses cendres dans une rivière amazonienne. Druig proclame alors au groupe qu'il n'est pas assez puissant pour affecter un Céleste. Ils se rendent donc à Chicago pour retrouver Phastos, qui a depuis longtemps abandonné l'humanité et ses ambitions technologiques après que sa technologie ait été utilisée pour créer la bombe atomique, entraînement la catastrophe d'Hiroshima. Il a toutefois retrouvé de l'espoir pour l'humanité après avoir démarré une nouvelle vie avec son mari Ben Stoss et son fils Jack Stoss. Il refuse d'abord de quitter sa famille, mais cède après que Ben le convainc de se battre pour l'avenir de Jack.

En route cette fois pour l'Irak, ils récupèrent le Domo sur un site archéologique et découvrent que Makkari réside dans le vaisseau. Les Éternels étant tous imprégnés d'une énergie cosmique quasi-infinie, Phastos leur propose de canaliser leur énergie vers Druig et de former un Grand Esprit afin qu'il puisse prendre le contrôle du Céleste et arrêter l'Émergence. Néanmoins, tout le monde n'est pas d'accord avec ce plan, Ikaris étant le principal dissident. Lorsque Kingo s'engage à rester aux côtés d'Ikaris jusqu'à la fin, ce dernier se remémore la dernière rencontre qu'il a eu avec Ajak, six jours auparavant. Elle informait Ikaris que bien que l'Éclipse ait rapproché l'Émergence de sa réalisation, l'héroïsme des Avengers l'avait poussée à douter d'Arishem pour la première fois. Comme il croyait toujours fermement en Arishem, Ikaris emmenait Ajak dans une ville d'Alaska, où des Déviants piégés dans la glace refaisaient surface en raison du réchauffement climatique associé à l'Émergence. Il la poussait alors sur le chemin de Kro, qui absorbait sa force vitale et acquierait ses pouvoirs d'hyper-régénération. Ikaris ramenait le corps d'Ajak dans sa maison, avant de s'effondrer en réalisant ce qu'il venait de faire.

Sersi ressent alors le début de l'Émergence, ce qui pousse Phastos à envoyer Makkari à la recherche de la localisation de Tiamut, qui se trouve sur une île volcanique de l'océan Indien. Druig déduit vite quel était le rôle d'Ikaris dans la mort d'Ajak, et Sersi apprend qu'Ajak lui avait fait part de leur véritable mission depuis plusieurs siècles. Ikaris affirme qu'il est de leur devoir, en tant qu'Éternels, de protéger le cycle Céleste de la vie afin que l'univers puisse continuer à exister. Quand Kingo menace d'attaquer Ikaris, Sprite décide de partir avec lui dans l'optique d'accomplir l'Émergence et rester à ses côtés. Ne voulant pas affronter Arishem, mais ne souhaitant pas se battre contre ses amis, Kingo abandonne le combat et part avec Patel. Après le choc des révélations, Thena convainc Sersi de poursuivre la mission d'Ajak en tant que sa successeure et d'empêcher l'Émergence d'éliminer toute l'humanité. Pour faciliter le Grand Esprit, Phastos s'empare de la sphère de communication de Sersi et la démonte pour construire des bracelets que porteront les autres Éternels.

Sur l'île, Sersi, Thena et Makkari rassemblent leur énergie autour de Druig et lui permettent de se connecter à Tiamut, mais Ikaris arrive et l'envoie dans un cratère, puis détruit le Domo. Déterminés et considérant que les pouvoirs de transmutation de la matière de Sersi sont leur dernière chance d'arrêter l'Émergence, Makkari, Thena et Phastos affrontent Ikaris afin de lui donner du temps. Dans le même temps, Kro attaque les Éternels et manque de tuer Makkari, mais Phastos le projette dans une grotte où Thena s'engouffre. Sprite, de son côté, projette une illusion d'Ajak pour distraire Sersi avant de la poignarder. Constamment moquée pour son apparence et sa taille d'enfant, Sprite affirme envier Sersi de pouvoir vivre parmi les humains, espérant que les suites de l'Émergence lui permettront de renaître sous la forme d'une forme de vie de taille normale. Druig se rétablit à temps et assomme Sprite, mais il est incapable d'utiliser à nouveau ses pouvoirs contre Tiamut, obligeant Sersi à l'affronter seule tandis que le Céleste commence à s'extraire de la croûte terrestre.

Kro se fait passer pour Gilgamesh et tente de s'emparer de l'esprit de Thena au travers de son Mahd Wy'ry, mais celle-ci parvient à lui résister et tue le Déviant. Phastos parvient à retenir Ikaris et à l'empêcher momentanément d'utiliser ses pouvoirs, mais il finit par se libérer et s'envole pour arrêter Sersi. Toutefois, face à elle, il se retrouve émotionnellement incapable de se résoudre à lui faire du mal. Se souvenant de leur vie sur Terre et de l'amour qu'ils partageaient, il se rend. Malgré cela, Sersi n'est toujours pas en possession d'assez d'énergie pour tuer Tiamut. Soudainement, quelque chose réunit tous les Éternels – y compris Ikaris et Sprite – dans le Grand Esprit, atteignant assez d'énergie pour permettre à Sersi de transformer le corps de Tiamut en marbre. En proie à la culpabilité, Ikaris demande pardon à Sersi avant de s'enfuir de la Terre, volant directement dans le Soleil. Phastos en déduit que c'est Tiamut lui-même qui a initié le Grand Esprit – c'était toujours le moyen pour les Éternels de survivre aux destructions de planètes, mais cette fois-ci, cela a entraîné la mort du Céleste. Ayant conservé une partie de l'énergie du Grand Esprit, Sersi exauce les souhaits de Sprite et la transforme en humaine pour lui permettre de grandir.

Deux semaines plus tard, dans le Dakota du Sud, Thena, Makkari et Druig partent pour l'espace à bord du Domo, qui a été réparé par Phastos, à la recherche d'autres Éternels pour leur expliquer la vérité à propos de leur but. De retour à Londres, Sprite fait ses adieux à Sersi qui déménage avec Kingo pour aller à l'école. Peu après, Sersi est de nouveau en rendez-vous avec Whitman au moment où Arishem apparaît de façon spectaculaire en dehors de l'orbite terrestre. Pour avoir saboté l'Émergence de Tiamut, Arishem enlève les Éternels restants, Sersi, Phastos et Kingo afin d'évaluer leurs souvenirs en vue d'un jugement final sur les humains, tout en les épargnant pour l'instant. Whitman retourne alors au musée et ouvre une mallette contenant une ancienne épée enchantée ayant appartenu à ses ancêtres, mais il est pris au dépourvu par une voix qui l'interroge. Les Éternels sur le Domo découvrent l'enlèvement d'Arishem plusieurs jours plus tard, lorsque leurs alliés ne réagissent pas. Soudain, Eros, alias Starfox – le frère de Thanos – et son compagnon Pip le Troll se téléportent sur leur vaisseau. Eros leur révèle qu'il sait où ils peuvent trouver leurs alliés.

Mention

• Docteur Strange
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• Icare
• Athéna
• Shadow Warrior
• Pranav Iyengar
• Akhil Dhawan
• Dayaram Ramaswamy
• Odin
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• Thor
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• Iron Man
• Nathan Garrett
• Black Roger
• Bast (statue)
• Roi Arthur
• Mère de Ben Stoss
• Charles Darwin (statue)
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• …
• Superman
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