Dans un instant flashback, Steve Rogers fait ses adieux à Peggy Carter tandis que son avion disparaît hors des radars dans l’Arctique. Quelques temps plus tard, Carter travaille comme analyste de données et briseuse de codes pour John Flynn au sein de la Section Scientifique de Réserve, dans un bureau très majoritairement composé d’hommes où elle est ignorée et traitée avec condescandance. Pendant ce temps, les agents de la SSR mènent une poursuite pour retrouver le sérum du Zodiaque tout en refusant obstinément l’aide de Carter : cela fait désormais trois mois qu’aucune mission ne lui a été confiée.

Une nuit, Flynn et les autres agents hommes du bureau sortent boire un verre, laissant Carter derrière eux pour s’occuper des appels téléphoniques. Quand le téléphone sonne, Carter répond et une voix lui indique les coordonnées du Zodiaque et suggère de faire appel à entre 3 et 5 agents pour cette mission. Au lieu de cela, Carter décide de s’y rendre seule, amenant une mallette avec elle. Sur place, elle attaque deux hommes de main et en repousse notamment un à travers une fenêtre.

Carter menotte un troisième homme et lui ordonne d’appeler à l’aide. Quand deux autres hommes viennent en renfort, elle les prend en embuscade puis localise enfin la pièce où se trouve le Zodiaque, jetant une bombe fumigène pour neutraliser ce qu’elle pense être le dernier garde. Elle retrouve finalement une fiole marquée d’un étrange symbole avant d’être attaquée par un dernier garde bien plus robuste et doté d’un masque à gaz. Au cours du combat où elle est mise en difficulté, Carter parvient à s’en sortir en utilisant un couteau caché dans sa mallette.

De retour au bureau, Flynn réprimande Carter pour son insubordination jusqu’à ce que son téléphone sonne. En décrochant, Howard Stark lui affirme que la mission de Carter était tout à son honneur et informe ensuite Flynn que Carter va désormais diriger le S.H.I.E.L.D. avec Stark. Flynn s’en va alors à informer Carter et lui fait savoir qu’il serait honoré qu’elle lui apporte des nouvelles. Carter refuse sa proposition et quitte les bureaux. Dans le même temps, Stark est au bord de sa piscine et discute de la création des bikinis avec Dum Dum Dugan, qui lui demande s’il s’agissait de son invention, ce à quoi Stark répond que c’était d’origine française.

Mention

• Chester Phillips

• Le sérum Zodiaque est introduit dans l'Univers Cinématographique Marvel à travers cette Édition Unique. Le sérum refit plus tard une apparition dans le comics Captain America : Le Soldat de l'Hiver - Le prologue du film.
• À la fin de l'Édition Unique, le S.H.I.E.L.D. est mentionné par Howard Stark qui décide de recruter Peggy Carter pour construire la nouvelle agence. Comme vu dans le film Captain America : Le Soldat de l'Hiver, Chester Phillips, Stark et Carter sont bien les fondateurs du S.H.I.E.L.D.
• Bien que l'Édition Unique montre clairement qu'elle se déroule en 1946 et que la fondation du S.H.I.E.L.D. est teasée, plusieurs sources plus récentes comme la série Agent Carter elle-même ou encore l'ouvrage Marvel Studios: The First Ten Years: The Official Movie Special confirment que la création de l'agence a eu lieu plus tard dans la chronologie du MCU. Sa création fut d'abord abordée pour la première fois comme étant en 1949 dans l'épisode Visite guidée de la série Les Agents du S.H.I.E.L.D.. Il fut plus tard confirmé dans l'épisode Nouvelle donne que le S.H.I.E.L.D. fut formé dans les années 50.
• Le peignoir porté par Howard Stark ressemble fortement à celui de Tony Stark dans le film Iron Man 2.