Bruce Banner se rappelle des évènements qui l'ont conduit à être transformé en un monstre vert géant et a hospitaliser son amour, Betty Ross. Le père de Betty, le Général Thaddeus Ross, a contraint Banner à partir en cavale pendant près de 5 ans, celui-ci ayant été considéré suite à ces incidents comme un fugitif pour l'Armée des États-Unis. Banner trouva une cachette de la favela de Rocinha, au Brésil, où il commenca à travailler dans une usine de fabrication de soda. Il appris aussi des techniques pour contrôler le plus possible sson stress afin d'empêcher sa transformation en Hulk, ainsi que des techniques de combat pour se défendra. Il essaya également de trouver un remède avec l'aide de « Mr. Blue », un docteur qu'il a rencontré en ligne. Banner n'a pas eu d'« incident » depuis 5 mois.

Lorsque Banner se coupe, son sang tombe dans une bouteille à l'usine. Plus tard, cette bouteille infecte un homme dans le Wisconsin, aux États-Unis. Le Général Ross est alerté et parvient à remonter à la source de l'incident. Il met au point une équipe spéciale en recrutant l'expert des forces spéciales, Emil Blonsky, et envoie les forces militaires au Brésil pour capturer Banner. Banner repère rapidement les militaires et tente de s'enfuir en se cachant dans l'usine mais il est attaqué par un groupe de voyou. Durant la confrontation, Banner ne peut retenir sa transformation en Hulk dans l'usine et attaque les voyous ainsi que les militaires.

Avant que Hulk ne s'échappe, Blonsky, le dernier soldat en vie, approche la créature de très près et celui-ci lui lance un véhicule. Blonsky survit de justesse à l'attaque. Après l'affrontement, Banner s'échappe et se rend au Guatemala. Il décide finalement de retourner aux États-Unis, où il retrouve une Betty Ross guérie, travaillant à l'université Culver et côtoyant le psychiatre Leonard Samson. L'ami de Banner, propriétaire d'une pizzeria, Stanley Lieber, lui offre un petit boulot de livreur pour lui permettre de subvenir à ses besoins. Il sert de ce nouveau poste pour se faufiller à travers la sécurité de l'université, afin d'obtenir d'éventuelles informations sur ce qu'il est advenu de lui aux yeux du monde, ses anciens travaux ou pour continuer à discuter avec « Mr. Blue ». Finalement, Ross remarque la présence de Banner à la pizzeria et les deux font leurs retrouvailles.

De son côté, le Général Ross apprend grâce à Blonsky que Banner s'est échappé grâce à l'intervention d'un monstre vert. Ross décide alors de révéler que Banner est le monstre, créé à la suite d'une expérience ratée pour répliquer le programme de « Super-Soldat ». Ross lui révèle également des restes détenus par l'armée d'une petite dose altérée de sérum de Super-Soldat (une énième expérience ratée mais considérée comme « très prometteuse »). Blonsky se porte alors volontaire pour recevoir la dose qui augmenterait sa force et son agilité afin de faire face à Hulk. De son côté, Banner révèle à Betty les véritables intentions de son père avec son éventuelle capture.

Le lendemain, l'Armée localise Banner à l'université Culver. Blonsky, sous les ordres de Ross, mène la seconde attaque, avec de nombreux véhicules armés dans l'armée se précipitant sur les lieux. Banner se retrouve encerclé de fumigènes qui l'amènent à se transformer et à commencer à un carnage contre les militaires. Au milieu de l'assaut, alors que Hulk massacre les forces armées, Blonsky s'attaque directement au colosse de jade au corps-à-corps et échappe à la décapitation à plusieurs reprises, avant d'être très grièvement blessé après avoir été projeté à pleine vitesse par Hulk contre un arbre suite à une ultime provocation. Face à des canons soniques, Hulk est presque vaincu mais parvient à s'en sortir, jusqu'à l'intervention d'hélicoptères, qui finissent eux-aussi par s'écraser. Au milieu du crash, Hulk sauve Betty Ross de l'explosion et s'échappe avec elle jusqu'au parc national des Great Smoky Mountains, où ils prennent refuge une nuit.

Banner et Ross décident alors d'obtenir le plus vite possible une solution en se rendant au Grayburn College à New York pour rencontrer Mr. Blue, qui se révèle être le Docteur Samuel Sterns. Sterns développe alors avec Banner un antidote potentiel qui pourrait mettre fin à ses transformations. Banner accepte de le prendre, malgré les risques. Lors de l'injection, Banner est attaché et une transformation se déclenche, mais celle-ci reste limitée puis empêchée grâce à l'antidote de Sterns. Après l'expérience, Sterns dévoile son laboratoire à Banner et lui révèle qu'il a synthétisé son sang à très large échelle dans l'espoir de mettre fin aux maladies et avancer vers la prochaine étape de l'évolution humaine. Toutefois, alors que Banner tente de le raisonner et de le convaincre qu'il doit tout détruire, il est soudainement tranquilisé par l'un des snipers du Général Ross à l'extérieur.

L'Armée entre alors en action. Ross est emmenée par son père, tandis que Banner est lourdement attaché puis emprisonné à son tour. Pendant ce temps, Blonsky, guérit de ses lourdes blessures grâce au sérum, confronte Sterns à propos de l'expérience effectuée sur Banner. En le forçant après avoir neutralisé sa propre collègue, Blonsky ordonne à Sterns de lui injecter un échantillon sanguin de Banner pour augmenter sa force. Sterns l'avertit à propos du mélange du sérum de Super-Soldat et des radiations Gamma qui pourraient ensemble créer une « abomination », mais Blonsky ne change pas d'avis. La procédure transforme alors Blonsky en une créature ressemblant à Hulk, qui assomme et blesse Sterns. La créature sort dans les rues de Harlem et provoque un véritable carnage, détruisant tout sur son passage et cherchant un défi de sa taille afin d'attirer Hulk. Pendant ce temps, un échantillon sanguin de Banner tombe sur une blessure ouverte de Sterns, provoquant un début de mutation.

Informé de la situation en temps réel, Ross décide d'autoriser Banner à aller affronter l'Abomination, étant son seul espoir. Malgré la crainte qu'il se soit soigné de façon de permanente de son alter-égo Hulk, Banner saute de l'hélicoptère de Ross en plein vol pour tenter de re-déclencher sa transformation. Banner émerge d'un cratère dans les rues de Harlem en tant que Hulk et fait face à l'Abomination. Hulk parvient finalement à vaincre l'Abomination après un combat rude, long et destructeur tout en étant parvenu à protéger Betty et le Général Ross, qui s'étaient retrouvé au milieu du combat après le crash de l'hélicoptère. Après des adieux avec Betty, Hulk prend la fuite pour échapper à l'Armée et partir en cavale, de nouveau.

Trente-et-un jours plus tard, Banner s'est installé à Bella Coola, en Colombie-Britannique, et tente d'essayer d'apprendre à contrôler ses transformations, au lieu de chercher à les contrôler. Plus tard, le Général Ross se trouve dans un bar, alcoolisé et fataliste. Il est rejoint par Tony Stark, conscient des événements récents à Harlem, qui souhaite discuter avec lui de la conception d'une « équipe ».

Mention

• Projet Renaissance
• Amanda Kirchhoff
• Elliot Litton
• Hodgson
• Christopher Sanchez
• Rick Jones
• Nick Fury
• Joseph Reinstein