Les Agents du S.H.I.E.L.D. revient pour une troisième saison pleine d’action, avec le Directeur Phil Coulson et l’Agent Daisy Johnson menant la charge alors que le S.H.I.E.L.D. recherche à travers le monde des personnes dotées de pouvoirs, suite à la bataille épique avec Jiaying et son armée d’Inhumains. Cependant, Coulson et l’équipe découvrent bientôt qu’ils ne sont pas le seul groupe à la recherche de ces nouveaux Inhumains.

Plusieurs mois après leur guerre avec un groupe rebelle d’Inhumains, l’équipe est encore sous le choc. Coulson tente de recoller les pièces de son organisation autrefois révérée tandis qu’il gère également la perte de sa main. Sa confidente et commandant en second, l’Agent Melinda May, n’est pas encore rentrée de ses vacances impromptues avec son ex-mari Andrew Garner ; la mortelle super-espionne Bobbi Morse se remet de sa torture traumatisante aux mains de Grant Ward ; Leo Fitz est obsédé à l’idée de découvrir la vérité derrière la mystérieuse disparition de Jemma Simmons ; et tous sont en état d’alerte en attendant le prochain mouvement de Ward et d'HYDRA.

Depuis que l’existence des super-héros et des extraterrestres a été rendue publique après la Bataille de New York, le monde essaye d’appréhender cette nouvelle réalité. Coulson a assemblé un petit groupe d’agents de l’organisation mondiale de maintien de la paix connue sous le nom de S.H.I.E.L.D. (Stratégie Habilité Intervention Exécution et Logistiques Défensives). La mission du S.H.I.E.L.D. : protéger ceux qui ne peuvent pas se protéger eux-mêmes de menaces qu’ils ne peuvent pas concevoir.

Mais de plus grandes menaces se profilent, les enjeux sont encore plus élevés pour les agents, y compris la propagation de la teratogénèse, une substance extraterrestre qui débloque les capacités super-humaines de certains individus ; l’émergence de nouveaux Inhumains qui ne peuvent pas contrôler ou comprendre leurs pouvoirs ; la montée en puissance d’une nouvelle organisation gouvernementale qui marche sur les plates bandes du S.H.I.E.L.D. ; les propriétés inconnues du monolithe géant Kree, qui a pris l’un des leurs ; et la menace constante de l’organisation terroriste HYDRA reconstruite par le traître Grant Ward, qui mène une mission personnelle pour faire chuter le Directeur Coulson et le S.H.I.E.L.D.

De nouveaux visages, amis et ennemis, vont rejoindre la série, y compris la directe, hautement qualifiée et un peu mystérieuse chef de l’ATCU (Agence Tactique de Confinement d'Urgence) ; son intimidant partenaire, Banks ; Lash, un monstrueux Inhumain dont la loyauté reste ambiguë ; et un nouvel Inhumain Joey Gutierrez, qui lutte pour exploiter ses nouvelles capacités ; sans compter d’autres personnages surprenants.

Coulson, avec l’aide de Daisy et Alphonso Mackenzie, va lentement travailler pour assembler une équipe plus forte que jamais, la combinaison d’agents hautement qualifiés du S.H.I.E.L.D. avec des individus dotés de pouvoirs, dans l’espoir de protéger les innocents dans un monde où la balance du pouvoir est toujours changeante, et où de nouveaux dangers apparaissent constamment.

	01. Les lois de la nature	29 septembre 2015  25 octobre 2015
	Quand Coulson et son équipe découvrent un nouvel Inhumain, le S.H.I.E.L.D. se retrouve face à une autre organisation qui recherche ces mêmes personnes. Après la disparition de Simmons, Fitz prend des mesures extrêmes pour découvrir comment la ramener.
	02. Le portail	6 octobre 2015  25 octobre 2015
	Fitz et l'équipe s'assurent l'aide d'un Asgardien pour percer les secrets de l'ancien Monolithe qui a avalé Simmons, tandis que l'agent May se trouve à un tournant à la fois dans sa vie privée et dans sa vie professionnelle.
	03. Le genre inhumain	? 13 octobre 2015  25 octobre 2015
	Daisy, Mack et Coulson font tout pour protéger Lincoln tandis que l'équipe de Rosalind Price traque l'Inhumain dans sa quête de personnes dotées de pouvoirs. Pendant ce temps, Hunter prouve qu'il est prêt à tout pour se venger de Ward et d'HYDRA.
	04. Lash	20 octobre 2015  1er novembre 2015
	Après avoir accepté à contrecœur de partager des informations avec Rosalind Price et l'ATCU, Coulson et l'équipe partent à la recherche de l'Inhumain qui élimine d'autres Inhumains, et May pense que la mission de Hunter pour faire tomber Ward devient trop personnelle.
	05. 4 722 heures	27 octobre 2015 ? 1er novembre 2015
	Après avoir été secourue de façon spectaculaire d'une autre planète, Simmons a encore du mal à se remettre de l'épreuve et révèle comment elle a dû lutter pour survivre dans un monde nouveau et rude.
	06. Le monstre à l'intérieur	3 novembre 2015  1er novembre 2015
	Les enjeux montent encore plus tandis que Hunter et May continuent à traquer Ward et HYDRA et que Daisy et Coulson commencent à soupçonner l'ATCU de cacher un important secret au S.H.I.E.L.D..
	07. La théorie du chaos	10 novembre 2015  8 novembre 2015
	Tandis que Daisy et son équipe se battent pour protéger les Inhumains, le S.H.I.E.L.D. découvre la troublante vérité à propos de l'un de leurs plus grands ennemis. Pendant ce temps, Fitz aide Simmons à récupérer des informations qui pourraient les ramener de l'autre côté du portail.
	08. La genèse du mal	17 novembre 2015  8 novembre 2015
	L'équipe du S.H.I.E.L.D. découvre des vérités dangereuses sur l'ATCU tandis que le projet de Ward de détruire le S.H.I.E.L.D. connaît une tournure inattendue.
	09. Prêt à tout	1er décembre 2015  8 novembre 2015
	La campagne de Ward en quête de vengeance met le S.H.I.E.L.D. à genoux, et Coulson prouve qu'il est prêt à tout pour régler ses comptes.
	10. Maveth	8 décembre 2015  15 novembre 2015
	Le S.H.I.E.L.D. et HYDRA s'engagent dans une guerre qui va changer le monde de Coulson pour toujours. Pendant que Daisy et son équipe d'Inhumains combattent pour garder HYDRA à distance, Coulson et Fitz prennent le risque ultime.
	11. D'un battement de cœur	8 mars 2016  15 novembre 2015
	Coulson veut à tout prix coincer Gideon Malick et éradiquer HYDRA une bonne fois pour toutes. Pendant ce temps, Daisy et l'équipe rencontrent d'autres Inhumains qui disposent de pouvoirs inédits.
	12. Symposium	15 mars 2016  15 novembre 2015
	Coulson et le Général Talbot sont forcés de faire équipe et d'assister à un symposium mondial sur les Inhumains, où ils suspectent Malick d'y avoir une taupe. Alors que le S.H.I.E.L.D. est tout proche de la vérité, un traître inattendu est révélé.
	13. Coup de froid	22 mars 2016  22 novembre 2015
	Bobbi et Hunter se retrouvent coincés dans une tentative d'assassinat après avoir suivi Malick en Russie. Tandis que le S.H.I.E.L.D. accourt pour leur sauver la vie, l'équipe est transformée à jamais.
	14. Les Chiens de garde	29 mars 2016  22 novembre 2015
	Quand un groupe radical appelé les Chiens de Garde émerge avec pour but l’élimination des Inhumains, l’Agent Mack et son frère sont pris entre deux feux. Pendant ce temps, Simmons découvre un composé chimique puissant qui pourrait modifier l’avenir des Inhumains.
	15. L'espace-temps	5 avril 2016  22 novembre 2015
	Lorsque Daisy voit un aperçu horrifiant de l'avenir, le S.H.I.E.L.D. s'emploie à prouver que le destin n'est jamais fixé à l'avance pour sauver un Inhumain en danger.
	16. L'héritage	12 avril 2016  29 novembre 2015
	Le S.H.I.E.L.D. part à la chasse pour obtenir des informations sur leur dangereux nouvel ennemi. Un secret honteux du passé de Malick est exposé, menaçant de détruire son héritage au sein d’HYDRA.
	17. Tous pour un	19 avril 2016  29 novembre 2015
	L'agent Daisy Johnson assemble les Secrets Warriors pour une mission qui va tous les affecter. Seulement, quand Fitz et Simmons font une découverte choquante sur les pouvoirs de Hive, la confiance accordée de l'équipe va rapidement briser en éclat.
	18. Le recrutement	26 avril 2016  29 novembre 2015
	Coulson et son équipe se séparent pour mener à bien différentes missions qui leur permettraient de sauver Daisy. Pendant ce temps, Hive poursuit sa quête de domination en prenant le contrôle de nouveaux Inhumains.
	19. À feu et à sang	3 mai 2016  6 décembre 2015
	Alors que Hive met la seconde partie de son plan à exécution, Coulson et le reste de l’équipe décident de lancer un assaut pour le stopper et sauver Daisy. Seulement, quand des invités de dernière minute viennent compliquer la situation, le S.H.I.E.L.D. doit rapidement revoir ses priorités pour espérer s’en sortir indemne.
	20. Émancipation	10 mai 2016  6 décembre 2015
	Les Accords de Sokovie de Captain America : Civil War pèsent lourdement sur le S.H.I.E.L.D. qui doit se positionner concernant l’enregistrement des Inhumains. Pendant ce temps, Hive obtient enfin des résultats surprenants, ce qui le pousse à entamer la dernière phase de son plan.
	21. Absolution	17 mai 2016  13 décembre 2015
	Une épreuve de force attend le S.H.I.E.L.D. alors qu'il met les mains sur Hive, et quand son plan est enfin révélé, l'équipe doit passer à l'action. Qui va vivre et qui va mourir ?
	22. Ascension	17 mai 2016  13 décembre 2015
	Une épreuve de force attend le S.H.I.E.L.D. alors qu'il met les mains sur Hive, et quand son plan est enfin révélé, l'équipe doit passer à l'action. Qui va vivre et qui va mourir ?