Les X-Men, groupe de mutants aux dons extraordinaires, s'efforcent de protéger un monde qui les déteste et les craint profondément. Les X-Men sont confrontés comme jamais auparavant à un avenir dangereux et inattendu.
La saison 2 de X-Men ‘97 poursuit les aventures de ce groupe de mutants aux dons extraordinaires désormais dispersés à travers différentes époques. Chacun d’eux doit tout mettre en œuvre pour retrouver le chemin du retour. Pendant ce temps, dans les années 1990, de nouveaux ennemis émergent, tandis qu’une vague grandissante d’intolérance envers les mutants gagne du terrain après la disparition des X-Men.