« Je savais que c'était risqué. Si on avait échoué aujourd'hui, on existerait plus. À présent, on a une chance de survivre. Nos soldats sont tous prêts à se sacrifier, mais il leur faut des armes. C'était l'ennemi qui avait l'avantage, il fallait rééquilibrer les débats.
– Vous avez tout risqué pour un Quinjet ?
– Non, pour ce qu'on peut faire avec. Disparaître, devenir des fantômes. C'est ainsi que nous devrons vivre à présent. Dans l'ombre. Pour sauver les gens, même s'ils l'ignorent ou s'ils le refusent. »
Coulson et son équipe se retrouvent fugitifs et voient leurs ressources amoindries. Ils continuent cependant à protéger le monde des graves dangers qui l'entourent. Avec de nouveaux membres qui se connaissent à peine, peut-on encore faire confiance à l'organisation ?
Résumé
En Autriche, en 1945, Peggy Carter dirige une équipe de la Section Scientifique de Réserve (SSR), avec Jim Morita et Dum Dum Dugan, contre un Centre de Recherche d'HYDRA dirigé par Werner Reinhardt, un général et scientifique d'HYDRA. C'est ici qu'elle confisque le corps alien G.H. et le premier 0-8-4, une Obélisque dévastatrice au toucher.
En 2014, Roger Browning possède le fichier sur l'Obélisque et désire le vendre à Lance Hunter, Isabelle Hartley et Idaho, trois mercenaires travaillant sous couverture pour le nouveau S.H.I.E.L.D de Phil Coulson. Melinda May, Skye et Antoine Triplett sont cachés et observent la scène. Les négociations sont interrompus par un assassin qui fonce sur eux, tue Browning et, malgré des tirs d'armes à feu, s'échappe en sautant par la fenêtre
Les six retournent au Playground où Billy Koenig et Alphonso Mackenzie les attendent. À leur surprise, Coulson est présent mais il ne souhaite voir que May. Durant leur conversation, il s'apprête à partir pour Londres, mais il annule lorsqu'il est débriefé par May. L'assassin a volé le fichier du tout premier 0-8-4, l'Obélisque.
Coulson envoie Skye au sous-sol afin d'obtenir des informations de leur prisonnier, Grant Ward, qui veut ne parler qu'à elle. Ward raconte l'histoire de Carl Creel et comment HYDRA communiquait avec lui. Elle part avant qu'il ne puisse lui parler de son père
Creel attaque Glenn Talbot, qui passait du temps avec sa femme et son fils, mais est sauvé par Skye et May. Pendant que Creel est capturé par les Forces Armées des États-Unis, May et Skye kidnappent Talbot et l'amène dans la Cage, dans le Bus.
Coulson et Talbot discutent, il demande à Talbot de l'aider car Creel va récupérer l'Obélisque. Talbot refuse et Coulson l'endort à l'aide d'un D.C.E.S. Pendant ce temps-là, Creel utilise ses pouvoirs pour s'échapper
Coulson envoie ses six agents dans une mission importante : récupérer un Quinjet et l'Obélisque. Quand Hartley trouve l'Obélisque, l'Homme-Absorbant attaque. Elle prend l'Obélisque pour essayer de s'échapper mais l'Obélisque commence à la tuer. Hartley, Hunter et Idaho s'échappent afin d'amener Hartley à l'hôpital, mais Creel renverse leur véhicule, ce qui tue Idaho et Izzy. Hunter fait semblant d'être mort pendant que Creel ramasse l'Obélisque.
May, Trip et Skye réussissent à ramener un Quinjet avec un système de camouflage opérationnel. Coulson explique à Mack et Koenig que le cerveau de Fitz a subi de sérieux problèmes et qu'il ne peut pas reproduire le système de camouflage. Fitz parle désormais à une Jemma Simmons imaginaire car elle a quittée l'équipe. Pendant plusieurs semaines, Fitz a essayé de créer le système, mais il a tout le temps échoué.
Plus tard, Sunil Bahski informe Daniel Whitehall que la mission de Creel est un succès. Whitehall est Reinhardt, 70 ans après, sans avoir veilli