« Vous êtes le nouveau Directeur, pas un vulgaire agent de Niveau 1.
– Il n'y a plus de niveaux pour les agents. Je m'en suis débarrassé. »
— Melinda May et Phil Coulson [src]
Il existait 10 niveaux d'accréditation, ainsi que les accréditations de Niveau Alpha, Oméga et Tango. À mesure que les agents progressaient à partir du Niveau 1, ils gagnaient accès à davantage d'informations et, fréquemment, à davantage de pouvoir, bien que le grade et le niveau d'accréditation ne soient pas nécessairement corrélés. Par exemple, pour que les agents connaissent l'ensemble des informations concernant la Bataille de New York, ils devaient être de Niveau 7. Le niveau d'accréditation d'un agent n'était pas basé sur son ancienneté au sein de l'agence, mais principalement sur ses performances.
Le Dossier : 092074 était classé sous l'accréditation de Sécurité Tango. Il s'agissait d'un flux satellite du S.H.I.E.L.D. montrant Tony Stark à l'époque où il utilisait pour la première fois l'armure Mark III. Lorsque Phil Coulson devint Directeur du S.H.I.E.L.D., il abolit le système de niveaux d'accréditation.
« Ayant le Niveau Rouge, pourquoi je dois demander mon matériel à toi, qui est Orange ? Le Rouge n'est pas avant le Orange ?
– En fait, le Orange englobe à la fois le Rouge et le Jaune, donc… C'est difficile à expliquer. Le Directeur a voulu éviter les nombres pour que les agents ne se sentent dévalués. »
— Melinda May et Jemma Simmons [src]
Suite à la relégitimisation du S.H.I.E.L.D., un nouveau système d'accréditation de sécurité, surnommé le « Spectre de Sécurité », fut établi. Contrairement à l'original, qui était numérique, le nouveau système était basé sur les couleurs. Des couleurs comme l'orange disposaient généralement d'une accréditation supérieure au rouge et au jaune, ces deux dernières étant englobées par l'orange, mais dans certains cas, les couleurs inférieures pouvaient disposer d'une accréditation supérieure dans certains domaines spécifiques