« La plante me donna des chevilles ailées et des oreilles qui pointent vers les nuages. J'étais un mutant. Je pouvais nager dans le ciel et vieillir moins vite. Respirer l'air que nos ancêtres respiraient. »
— Namor à Shuri [src]
En 1571, afin de survivre à la variole apportée par les Espagnols, les habitants d’un petit village maya du Yucatán ingérèrent une herbe trouvée dans l’océan, sans savoir qu’elle avait été affectée par le vibranium. Fen, déjà enceinte de son enfant, consomma l’herbe avec le reste de sa tribu. Celle-ci modifia leur anatomie et leur biologie, les rendant incapables de respirer hors de l’eau. Le village entier quitta alors la surface pour vivre sous l’océan, où Talokan fut fondé.
En raison des effets de l’herbe, le fils de Fen naquit avec la capacité de respirer aussi bien sur terre que sous l’eau. En plus de ses traits physiques talokanils, l’enfant présenta une mutation qui se manifesta par une paire d’ailes aux chevilles, lui permettant de voler, ainsi que par des oreilles pointues et une longévité accrue. Il devint le roi de Talokan, et sa mutation conduisit à ce qu’il soit vénéré comme K’uk’ulkan, le Dieu Serpent à plumes. Cependant, il adopta le nom de Namor face à ses ennemis, après qu’un prêtre mourant l’eut surnommé « el Niño sin Amor ».
« Tu n'as pas les mêmes gênes que tes parents. En fait, les tiens ils viennent d'une … d'une mutation. »
— Bruno Carrelli à Kamala Khan [src]
En 2025, lorsque Kamala Khan porta l’un des bracelets quantiques, elle devint capable de libérer tout le potentiel de la Dimension de Noor. La manifestation soudaine de ses pouvoirs poussa son ami Bruno Carrelli à examiner les gènes de Khan, car elle était la seule de sa famille à pouvoir utiliser le bracelet.
Bruno Carrelli découvrit que la génétique de Khan différait de celle de sa famille en raison d’une mutation dans ses gènes. Il retrouva rapidement Khan et lui transmit cette information importante. Comme les mutants n’étaient pas une race connue à l’époque, Khan répondit simplement que, quoi que cela signifiait, ce ne serait qu’une autre étiquette pour classer les personnes dotées de pouvoirs, et écarta ensuite le sujet.
En 2026, Khan aida Captain Marvel et Monica Rambeau à combattre Dar-Benn et les Krees, qui cherchaient à s’emparer de son bracelet quantique afin d'ouvrir des brèches spatio-temporelles. Même sans celui-ci, Khan était en mesure d'utiliser ses structures de Noor pour sauver ses deux coéquipières durant l’affrontement.
La mutante de niveau Oméga Cassandra Nova fut bannie dans le Néant par le Tribunal des Variations Anachroniques, jugée trop dangereuse pour son univers. Le TVA lui accorda finalement la permission d'y mener ses opérations à sa guise, et elle rassembla une communauté armée composée d'autres survivants, dont certains membres étaient également des mutants exilés. Au fil des années, elle tua et tortura plusieurs variants de son frère envoyées dans le Néant et s'empara même du fauteuil roulant de l'un d'eux.
Une Résistance fut finalement formée avec le clone mutant X-23 pour l'arrêter. Lors de la Préservation de l'Univers-10005, Nova fut trahie et manqua d'être tuée par Pyro, l'un de ses hommes de main. Cependant, Deadpool et Wolverine la sauvèrent, et elle les fit sortir du Néant. Réalisant que le TVA avait rompu leur accord, Nova se rendit dans l'Univers-10005 avec l'intention d'utiliser le chrono-broyeur pour éradiquer toutes les réalités du Multivers à l'exception du Néant. Deadpool et Wolverine la suivirent alors et surchargèrent le chrono-broyeur, provoquant l'atomisation de Nova par l'énergie antimatière de la machine.
Dans l'Univers-838, le Strange Suprême forma une organisation secrète appelée les Illuminati, qui comptait parmi ses membres le professeur Charles Xavier, un puissant mutant télépathe représentant la race mutante. Aux côtés des Illuminati, Xavier combattit et vainquit Thanos. Après leur victoire, Xavier assista à l’exécution de Strange par Black Bolt, car la corruption de Strange par le Darkhold était devenue une nouvelle menace que les Illuminati devaient affronter.
Xavier devint le chef des Illuminati et fut convoqué lorsque le Docteur Strange du principal flux temporel arriva sur leur Terre. Lors de la rencontre de Strange avec les Illuminati, Xavier lut dans son esprit et remarqua ses intentions nobles, constatant qu’il n’était pas comme leur propre Strange. Xavier tenta alors de combattre et de sauver la Sorcière Rouge, corrompue par le Darkhold. Cependant, ses efforts s’avérèrent vains, car la Sorcière Rouge tua Xavier.
Dans un autre univers, une équipe de super-héros mutants appelée les X-Men existait et était alliée à Binary. L’un de ses membres, le Fauve, étudia Monica Rambeau lorsqu’elle entra dans leur univers. Il informa ensuite le Professeur X de ses découvertes.
Dans l'Univers du Génocide mutant, certains humains, animés par la peur et la haine envers les mutants, orchestrèrent une attaque surprise contre le Manoir X en l'absence de Wolverine. Cela entraîna la mort de plusieurs membres des X-Men, dont des mutants puissants tels que Tornade, Cyclope et Jean Grey. À la suite de cet événement, Wolverine sombra dans une spirale dépressive.
Dans l'Univers de la Jubilée Surfeuse d'Argent, la mutante Jubilée obtint une planche de surf qui transforma sa peau en argent, la métamorphosant en Surfeuse d'Argent.
Les mutants apparaissent très généralement sous un forme humanoïde classique mais, en raison de leurs mutations génétiques uniques, possèdent des pouvoirs qui se manifestent de divers manières. Dans certains cas, les mutations entraînent des modifications corporelles plus ou moins importantes sur l'individu, l'éloignant d'une apparence humanoïde semblable à celle d'un humain.
Apparus pour la première fois au travers de Namor dans Motion Picture Funnies Weekly n°1 en 1939, les mutants sont pleinement reconnus comme tels depuis X-Men #1 en 1963, même si plusieurs personnages apparus auparavant furent plus tard reconnus comme « mutants ». Ils sont reconnus comme étant porteurs d'un trait génétique connu comme le « Gêne-X », créé par les Célestes, qui les amène à progressivement et naturellement développer des pouvoirs surhumains, de la naissance jusqu'à la puberté où ceux-ci apparaissent pleinement.