Guerre civile du S.H.I.E.L.D.
Avant	Coup d'État d'HYDRA
Pendant	Expansion d'Ego Guerre Kree-Nova Croisade contre les monstres Guerre contre HYDRA Quête de l'Orbe
Après	Offensive d'Ultron
Début	10 mars 2014
Fin	7 mai 2015
Lieu	Terre
Résultat	Les deux factions du S.H.I.E.L.D. fusionnent en une seule, avec Phil Coulson comme directeur et l'équipe de Robert Gonzales comme conseillers.
ÉVÉNEMENTS MAJEURS
Batailles	Enlèvement de Lance Hunter Attaque du Playground Traque de Skye Embuscade à la retraite du S.H.I.E.L.D. Vol de la Boîte à Outils
ACTEURS
S.H.I.E.L.D. Faction de Phil Coulson S.H.I.E.L.D. Faction de Robert Gonzales
COMMANDANTS
Phil Coulson Robert Gonzales
PERTES
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APPARITIONS
Série	Les Agents du S.H.I.E.L.D. (6 épisodes)
Apparition	La vengeance de Cal (en 2015)

« On ne peut pas se permettre d'être ligués les uns contre les autres lorsque de nouvelles menaces nous encerclent, à attendre le moment où nous serons les plus faibles. Une maison construite sur des sables mouvants finira par s'écrouler. Et sans une base solide et unifiée, le S.H.I.E.L.D. finira par s'écrouler. »
— Robert Gonzales à Melinda May ^[src]

La Guerre civile du S.H.I.E.L.D. était un conflit opposant deux factions divergentes au sein de l'organisation de maintien de la paix du S.H.I.E.L.D. après sa chute et à la suite de sa réorganisation durant le Coup d'État d'HYDRA. Le S.H.I.E.L.D. de Robert Gonzales, opposés aux méthodes de Phil Coulson et de l'héritage venant de Nick Fury, s'attaqua à la faction de Coulson pour prendre le contrôle de sa base et de ses ressources. Face à la détermination de Coulson et des agents qui lui étaient fidèles, les deux factions décidèrent finalement de s'unir, au milieu de combats contre HYDRA ou les Inhumains d'Autre-Monde.